近未来日本的东京高楼林立灯火璀璨，宽广的道路上车辆一辆接着一辆驶过。两旁的街道挂满了用霓虹灯制作的广告牌。在街道的不远处有一片广场，广场上有一个巨大的广告牌在滚动播放着广告——doatec组织举办的第一届生死格斗大赛已经结束。名不见经传的少女，雾幻天神流第18代首领的女忍者霞为了找出袭击自己最爱的哥哥疾风的凶手离开了自己居住的忍者村，由于破坏了村子的规矩霞被视为了逃忍，忍者村的首领之一的幻罗决定派遣他的得意弟子绫音刺杀霞。霞追逐着凶手的影子来到了生死格斗大会「dead or alive」,在大会上终于遇到了让哥哥生命垂危的凶手——雷道。最终再同母异夫的妹妹绫音的监视下霞艰难的战胜了雷道并且获得了第一届生死格斗大赛的冠军。但是由于战斗过于激烈双方都发动了超级忍术「裂空迅风杀」而产生了巨大的爆炸,雷道的肉体被炸的四分五裂，霞的身影也完全消失不见了。一年后，应该卧床养伤的疾风也消失了。被当作与「alpha计画」并列的「epsilon计画」的实验台而遭doatec组织绑走。但是再运输过程中发生了事故，失去了记忆的疾风乘机逃离组织的掌控下落不明。
忍之里——雾幻天神流的总部，由于接连失去了两个首领继承人一个失踪一个叛逃，做为村里旁支流派的霸神门...
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